港南区人民检察院于1996年6月建立，建立之初无办公用房和业务用房，租用港南区桥圩镇供销社旧化肥仓库9间砖瓦平房作为办公和业务用房。经过几个月的筹建，1996年11月30日，港南区人民检察院在港南区桥圩镇正式挂牌成立。2001年4月，在港南区江一路北红口岭开发区征地6.13亩建设办公和业务用房，于2001年4月开工建设，2001年年底俊工正式启用。 港南区人民检察院办案用房和专业技术用房于2011年11月经批复立项，2017年2月正式开工建设，2019年8月落成，2022年8月正式启用， 现地址变更贵港市港南区廉石路199号，占地面积27.9亩，建筑面积12000多平方米。

1996年6月至今港南区人民检察院历任检察长共7人：分别是林愈溪、朱东风、张坚、黄初明、黄戈文、周开俊、陈达文。截至2023年，港南区人民检察院在编检察干警38人，其中政法干警36人，工勤人员2人。内设机构共8个，分别是是办公室、第一检察部、第二检察部、第三检察部、政治部、港南区人民检察院派驻桥圩检察室、木梓检察室和木格检察室。

港南区人民检察院从成立至今先后获得了自治区级以上单位授予的多项表彰：全区检察系统先进检察院、全区基层检察院建设集体一等功、广西检察机关基层建设五好检察院、全区基层检察院建设十佳检察院、广西检察机关落实《纲要》示范院、广西壮族自治区人民检察院严打整治斗争中立案监督专项行动集体三等功、广西壮族自治区人民检察院立案监督先进集体、广西壮族自治区检察机关先进检察院集体二等功、广西壮族自治区人民检察院集体三等功、广西基层检察院四化建设达标单位、优秀青少年维权岗、全区检察机关司法警察编队管理示范单位、自治区文明单位、全区先进基层检察院、2019—2022年连续四年全国检察宣传先进单位。